Az események váratlan fordulatot vesznek az új-mexikói Black Mesa Kutatóállomáson. A félresikerült teleportációs kísérlet végeredményeként idegen lények hada lepte el a máskor tudósoktól nyüzsgő komplexumot. Az amerikai hadsereg, nem tudván, mekkora a veszély, kiküldenek több szakaszra való katonát a bázisra. Feladatuk az ellenség likvidálása és biztonsági okokból a túlélők lemészárolása. Ja, és van még valaki. Egy makacs tudós, akit az istennek sem tudnak elkapni, mindenáron segítséget akar szerezni valahonnan, még akkor is, ha tudja, hogy az egész világ ellene van. A neve Gordon Freeman.

Főhősünk, Adrian Shepard egy katonai helikopteren érkezik a harctérre, meglehetősen viharos körülmények között: egy idegen repülőgép lelövi őket, s rajta kívül nem maradnak túlélők. Miután nagy nehezen talál egy rádiót, megtudja, hogy az akciót lefújták, visszavonuló van. Megkezdődik hát a gyilkos hajsza az utolsó transzportra való feljutásért, majd miután ez nem sikerül, a bajtársak összegyűjtéséért, hogy közös erővel hagyják el ezt a poklot. Ám azzal nem számoltak, hogy a kormánynak ők is az útjában lesznek, velük is végezni kell. Először csak feketeruhás elit osztagokkal, aztán pedig egy szép kis atombombával…