Alyx elvisz minket egy italautomata mögé elrejtett titkos laborba. Itt dolgozik Dr. Kleiner, a habókos szemüveges tudós az előző részből. Az ő keze alatt van Eli Vance és Barney haver is. Elmondja, hogy sikerült újra létrehozniuk egy teleportot, amivel minket fognak Dr. Vance laborjába küldeni, ugyanis nagy terveik vannak velünk: nevezetesen fel akarják szabadítani az emberi fajt a rabszolgasorból, amiben az idegenek tartják. Ehhez azonban a Black Mesa egykori igazgatóját, a propagandaszövegeket harsogó ördögi Dr. Breent kell eltávolítaniuk a hatalomból. Ám még mielőtt ez megtörténne, magunkhoz vehetjük az előző részből már ismerős páncélzetunkat, a H.E.V. Suit Mark V-öt (az előző részben még Mark IV volt, de Kleiner doki felturbózta). Ekkor hirtelen egy arctámadó bukkan elő a sötétből. Aggodalomra semmi ok, ez a doki háziállata. A kis rakoncátlan azonban nem engedelmeskedik, és elbújik a szellőzőben. A jó doktor eközben elvisz minket a teleporthoz, amibe először Alyx száll be. Ő sikeresen átjut. De ahogy az szokott lenni, nekünk nem sikerül, köszönhetően a kis háziállatnak, aki kiugorva a szellőzőből elrontja a kísérletet. A bázison kívül találjuk magunkat, a doki háta mögött. Sajnos visszajutni már nem tudunk a katonaság akciói miatt, meg kell kerülnünk az egész blokkot. Barney segítségképpen még átad nekünk egy feszítővasat, amit még ő használt a Blue Shiftben. A rakodó területére érve két dolog nehezítheti meg a játékot. Az egyik a síneken hirtelen megjelenő vonat, ha meghalljuk a hangját, menjünk le a sínről! A másik a rendszertelenül jelentkező A.I. Disabled felirat, ami viszont csak a kalózverzió hibája, tessék szépen venni egy eredetit! A vonat után egy hosszú, de egyáltalán nem monoton, akciódús rész jön, melyben le kell hentelnünk egy egész regiment maszkos katonát. Az egyik konténerben pedig egy fickóval és egy vortigaunttal (a HL1 zőld elektromos áramot kilövő brekegő lényei, Xen rabszolgái) találkozunk. Ebben a játékban a vortigauntok megtanultak beszélni, ráadásul hasznos szövetségeseink, a lázadás építőkövei. Adnak némi cuccot, majd tovább kell mennünk, minden nehézség nélkül. Egy probléma lehet: nagyjából a pálya kétharmadánál lesz egy nagy betonhenger, rajta egy deszka. A továbbjutáshoz rá kell pakolnunk a deszkára minden betontéglát, hogy a fizika törvényeinek megfelelően az egyik fele lebillenjen, és mi át tudjunk a segítségével ugrani a túlsó oldalra. Hosszú, küzdelmes út után egy csatornalejáratra bukkanunk. Nem szívesen megyünk be, de ezt kell tennünk.