A vonatbaleset után a levegőben lógó szerelvényen térünk magunkhoz. Menjünk előrefelé, egészen a szerelvény végéig. Itt találkozunk Alyxszal, aki örül, hogy élve lát viszont minket, mi nemkülönben. A földön heverő, de működőképes Gravity Gunnal kiszabadít minket, majd átadja nekünk. Hamarjában használni is kell majd, jobbra felfelé a vaskaput csak egy jól irányzott gravity gun-lökettel lehet kinyitni. A túloldalon lévő szabad téren remek kilátás nyílik a Citadella romjaira. Az idillt egy rendkívül fura jelenség, egy portálvihar zavarja meg. Úgy tűnik, újra megismétlődik az invázió. Ezt nem hagyhatjuk, meg kell keresni Dr. Vance-et és csapatát, nekik biztos van ötletük. Utunk egy régi, használaton kívüli bányában vezet. A sejtelmes hangokon kívül eleinte semmi nem zavarja utunkat, de különben sincs fegyverünk, Alyx majd lő helyettünk. A vége felé jön majd egypár antlion meg zombi, de a gravity gunnal rájuk lőtt robbanó hordók még velük is végeznek. A bánya kijáratánál egy kis kuckóban infolinkre bukkanunk: ahhoz, hogy beszélhessünk a tudósokkal, meg kell bütykölni a szerkezetet. Alyx neki is lát, de sehogy sem boldogul. Mi viszont fogunk, ha megtesszük a kézenfekvő megoldást: bedugjuk a lógó kábelt a konnektorba. Ezután a berendezés működni fog. Eli és Dr. Kleiner már kidolgozta a tervet, nekünk csak el kell juttatnunk az Alyxnél lévő hololemezt a White Forest támaszpontra. Semmi vész, ez megoldható. Menjünk ki a hátsó ajtón, vissza a bányába. A deszkákkal eltorlaszolt kijáratot kinyithatjuk, ha a lejtő tetején lévő bányakocsit elszabadítjuk. Ha megvan, menjünk tovább. Másszunk fel a háztetőre, míg Alyx őrködik. Ugorjunk be a nyíláson, majd a benti gombbal nyissuk ki az ajtót. A hátunk mögött a földön lévő csapóajtóból szedjük ki a gravity gunnal a támasztékot, és a ház alatt másszunk ki. Utunkat azonban elállja egy eleddig ismeretlen Combine lény, aki felnyársalja Alyxet, és velünk is végezni akar. Szerencsénkre egy Vortigaunt érkezik, aki elijeszti a lényt, majd megpróbálja visszahozni az életbe Alyxet. Ez azonban bonyolult feladat, koncentrációt igényel amit a lázadó bázison kaphat csak meg. Oda kell hát őket kísérnünk. De már rögtön az első akadálynál, a bányaliftnél elveszítjük őket, mert lezuhanunk. Mászhatunk hát végig az elhagyott tárnákon. Szerencsére kapunk egy pisztolyt, amit hamar használnunk is kell. Az antlionok fészkébe jutottunk. Minden megölt lárva után kaphatunk +1 HP-t, ez jól jön, mert a savat köpő, gyors mozgású őrhangyák elé kemény ellenfelek. De a hamarosan fellelt shotgunnak ők sem ellenfelek. A fészekben való mászkálás hosszadalmas lesz, de cseppet sem unalmas... és még a pálya végén se jutun ki belőle egészen.