A Föld-Xen portálokat használva átjáróként, a combine-ok elsöprő erejű inváziót indítanak a Föld ellen; galaxis-szerte elhelyezkedő bázisaikról szárazföldi csapatokat, stridereket, dropshipeket és gunshipeket teleportálnak át. Ugyanazt a technikát használják itt is, mint a Xenen. Szuper-hadsereget állítanak elő az emberi DNS és a combine technológia keresztezésével. A fő citadellát City 17-ben állítják fel. Több citadellát húznak fel más városokban is. Ezek a hatalmas épületek a combine uralom központjai. Ezekben állítják elő a combine hadsereget, a járműveket, a hadi felszereléseket. Amellett, hogy a combine-ok és az emberiség egymás ellen harcol, más lényekkel is szembe kell nézniük. A felszabadított Vortigauntok a lázadó emberek mellé állnak, mert bosszút akarnak állni a combine-okon. A headcrabek mindenkit megtámadnak, akit meglátnak. Más szörnyek szintén terrorizálják az embereket és a combine-okat is. Gyökerezik a combine-ok tervének következő lépése. Wallace Breen még mindig optimista a combine hatalomátvétellel kapcsolatban. A Föld vezetőjévé teszik, ahogyan megígérték a Black Mesá-ban. Breen átadja a Földet a nekik, azt hirdetve, hogy jót akarnak, és azért vannak itt, hogy halhatatlanná tegyék az emberiséget. Annak ellenére, hogy látja ezrek holttesteit, szentül hisz abban, hogy ez az aprócska vérveszteség elkerülhetetlen az átmeneti időszakban, amíg a Föld csatlakozik a Galaktikus Unióba. Breen formálisan kapitulál az emberiség nevében a Hétórás Háború lezárásaként. Breen a combine-ok hasznára van azzal, hogy ember. A domináns faj tagja (mint Nihilanth a Xen-en), így segíti azt a hazugság terjesztését, hogy a rabszolgasors jó dolog. Az emberek, pedig látva, hogy egy ember van hatalmon, könnyebben beletörődnek a világ változásaiba. A Föld legnagyobb népességű pontjai közül a legtöbbet elpusztítják. Az emberek vidékre menekülnek, hogy ne essenek a combine-ok fogságába. Apró lázadó csoportok alakulnak, de a veszélyes vidéken kell bázist alapítaniuk, ahol a xeni vadvilág állandóan fenyegeti őket. Breen még mindig a combine-ok eltökélt híve, mit sem törődik az iszonyatos népírtassal. Szemében a lázadók nem többek egyszerű bajkeverőknél. A megmaradt népesebb területeket átnevezik: City 1,City 2... City 17,City 27 stb. és a combine-ok felügyelete alá rendelik, akik így megalapozzák hatalmas létszámú jelenlétüket a Földön. Az Egyesült Nemzetek főhadiszállását New York-ban lerombolják.

Wallace Breen a City 17-ben álló citadella legfelső emeletén rendezi be főhadiszállását. Célja, hogy leszámoljon a lázadókkal. Breen a médián keresztül megpróbál kapcsolatot teremteni az emberekkel. Hatalmas kivetítőket állítanak fel a városközpontokban. Az újságokat, a televíziót, és a kommunikáció minden lehetséges eszközét cenzúrázza és maga válogatja meg a tartalmat. Breen üzenete egyszerű: az embereknek mindent meg kell tennie, hogy az átmeneti időszak minél kevesebb problémával járjon. Véleménye szerint az emberiségnek áldozatokat kell hoznia, hogy csatlakozhassanak a combine-okhoz, de a cél szentesíti az eszközt. Hisz abban, hogy a csatlakozás pozitív hatású lesz, és mindenkit megpróbál meggyőzni erről. A portál-viharok után az emberek annyira kiszolgáltatottak, hogy még ezt is elhiszik. A városközpontokban combine erők biztosítják az emberek védelmét a földönkívüliektől. A megfélemlített emberek újra a városokban telepednek le, de életük folyamatos rettegésből áll. Rettegnek saját, és családjuk biztonságáért. A combine-ok brutális uralma kezdetét veszi. A combine-ok célja Breen-nel egyszerű. Az ő feladata az, hogy előkészítse a földet nekik, hogy megsemmisítsen minden ellenállást. A civilvédelmi erőket használva rajtaütéseket szervez, és minden elfogott lázadót ”stalker”-ré, rabszolgává alakít. Továbbá a combine-ok újra rabszolgákká akarják tenni a Vortigauntokat, közepes sikerrel. Valódi céljuk, hogy az egész emberiséget stalker-ré változtassák, és hogy a Vortigauntok is újra a szolgáik legyenek. A legzseniálisabb emberi elméket a Nova Prospektbe viszik, ahol megfigyelik őket ill. kísérleteket hajtanak végre rajtuk. A combine-ok a lehető legtöbbet akarják megtudni az emberiségről, mielőtt elpusztítják azt. A combine-ok teljhatalmú vezetője (a ”Combine Overlord”) elrendeli az ”átalakítási folyamatot”, amely messze meghaladja Breen hatalmát. Első lépésként a combine-ok aktiválnak egy energiamezőt, ami megakadályozza az embereket a szaporodásban (a részletek nem teljesen tiszták). Így nem születhet egyetlen új ember sem, tehát a jelenleg a Földön élő emberek lesznek az utolsó generáció. Biokémiai vegyületeket tesznek a vízbe, melyek hatására az emberek elfelejtik a múltat, és így még egyszerűbben érthetnek egyet Breen-nel és a combine-okkal. Egyszerűen elfelejtik, hogy miért utálják őket. Utolsó lépésként elkezdik elszívni a Föld óceánjait. A combine-ok tehát előkészítik a Földet új lakosaiknak.