Amint magunkhoz térünk, induljunk azonnal visszafelé arra, amerről jöttünk. Ez nem egy egyszerű feladat, tekintve, hogy a terep életveszélyessé vált. Mindenesetre ha Eli Vance-ig visszajutottunk, a dolgunk csak még nehezebbé válik. Továbbenged minket, feltéve, ha hozunk segítséget. Mi mást is tehetnénk? Ekkortól kezdődik az izgalom. Kezdetnek rögtön guggoljunk is le, mert az elektromos áram rögtön telibe kapna minket. Szerencsére az ajtót viszont berobbantja, így mehetünk tovább. A következő akadály az elszabadult lézernyaláb lesz, könnyűszerrel átbújhatunk alatta, majd felvehetjük első fegyverünket, egy feszítővasat. Ezt rögvest lesz is alkalmunk kipróbálni, egy Headcrab támad ránk a következő teremben. Haladjunk tovább. A liftet hiába is hívnánk, az mindenképpen lezuhan, menjünk be az aknába, és másszunk fel a létrán. Odafent egy biztonsági őr épp zombikkal hadakozik. Ha hagyjuk odaveszni, megszerezhetjük a pisztolyát, de ezt hamarosan amúgy is megszereznénk, segítsünk inkább neki, és hívjuk magunkkal! Visszafelé menet ejtsük előbb útba az öltözőt, a szekrények energiacellákat és egy kevés lőszert rejtenek (Freeman). A főbejáratnál keressük meg az asztal mögötti szellőzőrácsot, másszunk be, végezzünk az ellenfelekkel, majd a szoba tetején lévő szellőzőben menjünk tovább. Itt bejutunk az egyébként beomlott folyosóra, melynek végén megszerezhetjük a pisztolyt. Törjük ki az ajtó üvegezését és másszunk át rajta. Itt bukkannak fel először a Houndeye nevű kutyaszerű szörnyecskék, a pisztoly meglehetősen hatásos ellenük. A folyosókon szaladgálva egy Vortigaunttal és zombikkal is összefuthatunk, nem lesz kellemes élmény. Az egyik ajtó mögött felmászva a létrán zombik és headcrabek várnak ránk. Lőjünk bele a mögöttük lévő hordóba, mire felrobbannak, menjünk jobbra, hívjuk magunkkal a tudóst, majd menjünk el vele balra. Lőjük le a zombit. Ezután, a kis kitérő jutalmaként kézigránátokat vehetünk magunkhoz. Utunk mégsem erre vezet tovább, hanem lent a folyosókon, ahol a Headcrab terrorizálja a tudóst. Ha tiszta a terep, másszunk le a csatornába, majd menjünk el az egyik oldaljárat végébe. Tekerjük el a csapot, mire a csatorna megtelik vízzel, és így mi kiúszhatunk az eddig ráccsal elzárt túloldalon. Egy teherlifthez jutunk. Üzemeljük be és ereszkedjünk le vele. Közben tömegestől jönnek majd a headcrabek. A maradékkal odalent kell majd megküzdenünk. Ha megvan, mehetnénk tovább, de egy savköpő ráteleportál az útra, ami ettől leszakad. Ugorjunk rá a csövekre, és másszunk azon keresztül. Bújjunk be a szellőzőbe, így könnyűszerrel eljuthatunk az elérhetetlennek tűnő útra. Egy csatornához érkezünk. Át kell jutnunk a túloldalra, ez azonban közel lehetetlen. Toljuk a közelben található dobozokat a vízbe, és azok tetején átugrálhatunk a vízen. Innen továbbmenve újabb ugrálós rész jön, csakhogy ezúttal a magasban felfüggesztett dobozokon kell átugrálni. Ezután még egy hosszú, kanyargós, és idegesítően csendes folyosó jön, majd egy lift, amelybe szálljunk is be íziben.