A vonat, akárcsak az első részben, megáll, és mi elindulhatunk. Eleinte teljesen zavaros az összkép. Totális káosz, romos város, kétségbeesett emberek, szadista hajlamú rendfenntartók. Egy bizonyos Dr. Breed beszél a kivetítőkről: kitartást és evakuálást sugall. A kép kezd tisztulni, valószínűleg olyan katasztrófa történhetett dimenzióugrásunk közben, amely kihat jelenünkre is. Útközben a biztonsági rendszer egyszercsak kiszúr minket, és nekünk követnünk kell egy cseppet sem bizalomgerjesztő katonát. Miután betaszigáltak minket egy szobába, a benti őr lehúzza a maszkját, és a mi arcunk felderülhet, hiszen ez Barney! Régi jó barátunk, aki időközben félretéve félelmeit titkosügynökösdit játszik, azért tart fel minket, hogy elmondja: Dr. Kleiner és Dr. Vance (szintén régi jó ismerőseink) már várnak ránk a Black Mesa East nevű laborban. Nekünk oda kell valahogy eljutnunk. Beszélgetésünket az őrök megzavarják, de Barney a hátsó kijáraton át utat nyit nekünk, és sok sikert kíván. Az ablakon kiugorva rögtön egy újabb központi részhez érünk. Hamarosan eljutunk a szabadba, de az összkép itt sem túl szép. Őrök és repkedő szenzorok mindenütt. Jobb lesz, ha továbbállunk. Jobbra haladva az utca jobb oldalán lesz egy létra. Ezt azonban nem tudjuk elérni, szükségünk lesz egy dobozra, ami a közelben van. A létrán felmászva ki tudjuk kerülni az eddig akadályt jelentő drótkerítést. A túloldalon sem nehéz eltévedni: csak egyfelé mehetünk: egy házba. Az épületben épp házkutatást tartanak a rendfenntartók. Kábé a második emeleten beszól nekünk egy csóva, hogy menjünk oda hozzá. Vesztünkre az őrség pont kiszúr bennünket, így menekülnünk kell. A lépcsőházból a padlásra, majd onnan a tetőre kell mennünk. A Nagy menekülés hamar véget ér: a rendfenntartók elkapnak minket. Szerencsére érkezik egy rejtélyes idegen, aki magát Alyxnek nevezi, és elmondása szerint ő Dr. Eli Vance lánya, a néger tudósé az előző részből (igen, aki azon a bizonyos napon megbízott minket, hogy induljunk meg a felszín felé, és hozzunk segítséget). Elmondja, hogy mindenki itt van, aki Black mesában fontos volt, és csak ránk várnak.