Alyx elvisz minket egy italautomata m�g� elrejtett titkos laborba. Itt dolgozik Dr. Kleiner, a hab�kos szem�veges tud�s az el�z� r�szb�l. Az � keze alatt van Eli Vance �s Barney haver is. Elmondja, hogy siker�lt �jra l�trehozniuk egy teleportot, amivel minket fognak Dr. Vance laborj�ba k�ldeni, ugyanis nagy terveik vannak vel�nk: nevezetesen fel akarj�k szabad�tani az emberi fajt a rabszolgasorb�l, amiben az idegenek tartj�k. Ehhez azonban a Black Mesa egykori igazgat�j�t, a propagandasz�vegeket harsog� �rd�gi Dr. Breent kell elt�vol�taniuk a hatalomb�l. �m m�g miel�tt ez megt�rt�nne, magunkhoz vehetj�k az el�z� r�szb�l m�r ismer�s p�nc�lzetunkat, a H.E.V. Suit Mark V-�t (az el�z� r�szben m�g Mark IV volt, de Kleiner doki felturb�zta). Ekkor hirtelen egy arct�mad� bukkan el� a s�t�tb�l. Aggodalomra semmi ok, ez a doki h�zi�llata. A kis rakonc�tlan azonban nem engedelmeskedik, �s elb�jik a szell�z�ben. A j� doktor ek�zben elvisz minket a teleporthoz, amibe el�sz�r Alyx sz�ll be. � sikeresen �tjut. De ahogy az szokott lenni, nek�nk nem siker�l, k�sz�nhet�en a kis h�zi�llatnak, aki kiugorva a szell�z�b�l elrontja a k�s�rletet. A b�zison k�v�l tal�ljuk magunkat, a doki h�ta m�g�tt. Sajnos visszajutni m�r nem tudunk a katonas�g akci�i miatt, meg kell ker�ln�nk az eg�sz blokkot. Barney seg�ts�gk�ppen m�g �tad nek�nk egy fesz�t�vasat, amit m�g � haszn�lt a Blue Shiftben. A rakod� ter�let�re �rve k�t dolog nehez�theti meg a j�t�kot. Az egyik a s�neken hirtelen megjelen� vonat, ha meghalljuk a hangj�t, menj�nk le a s�nr�l! A m�sik a rendszertelen�l jelentkez� A.I. Disabled felirat, ami viszont csak a kal�zverzi� hib�ja, tess�k sz�pen venni egy eredetit! A vonat ut�n egy hossz�, de egy�ltal�n nem monoton, akci�d�s r�sz j�n, melyben le kell henteln�nk egy eg�sz regiment maszkos katon�t. Az egyik kont�nerben pedig egy fick�val �s egy vortigaunttal (a HL1 z�ld elektromos �ramot kil�v� brekeg� l�nyei, Xen rabszolg�i) tal�lkozunk. Ebben a j�t�kban a vortigauntok megtanultak besz�lni, r�ad�sul hasznos sz�vets�geseink, a l�zad�s �p�t�k�vei. Adnak n�mi cuccot, majd tov�bb kell menn�nk, minden neh�zs�g n�lk�l. Egy probl�ma lehet: nagyj�b�l a p�lya k�tharmad�n�l lesz egy nagy betonhenger, rajta egy deszka. A tov�bbjut�shoz r� kell pakolnunk a deszk�ra minden betont�gl�t, hogy a fizika t�rv�nyeinek megfelel�en az egyik fele lebillenjen, �s mi �t tudjunk a seg�ts�g�vel ugrani a t�ls� oldalra. Hossz�, k�zdelmes �t ut�n egy csatornalej�ratra bukkanunk. Nem sz�vesen megy�nk be, de ezt kell tenn�nk.