Gordon �s Alyx sikeresen kikecmeregnek a kisiklott szerelv�nyb�l. Hamarosan azonban k�nytelenek bel�tni, hogy a dolgok rosszra fordulnak: �jra megjelentek a port�lviharok, amelyek a combine-ok els� �rkez�sekor is jellemz�ek voltak. Egy kommunik�toron ism�t kapcsolatba l�pnek a tud�sokkal: Eli Vance-szel, Dr. Kleinerrel, �s Arne Magnussonnal. A terv az, hogy kettej�knek el kell jutnia a White Forest nev� titkos b�zisukra, ahol a Citadell�b�l nyert adatoknak nagyon sok haszn�t vehetik. A port�lviharokat ugyanis csak egy rak�t�val lehetne meg�ll�tani, a kil�v�shez azonban sz�ks�g van a pontos koordin�t�kra.

�tnak indulnak, �m hamarosan Hunterek rontanak r�juk, �s Alyx s�lyosan megs�r�l. A Vortigauntok tal�n tudnak seg�teni, de csak akkor, ha tudunk nekik seg�teni az antlionok f�szk�b�l szerezni egy bizonyos anyagot, amit �k csak "Vortessence"-nek h�vnak. Kalandos �t ut�n siker�l mag�hoz t�r�teni a l�nyt, �m a m�gikus cselekm�ny k�zben G-Man is megjelenik Gordon v�zi�iban. Elmondja, hogy Alyx �let�t � mentette meg Black Mes�ban, mert tervei voltak vele. Azt is mondta, hogy ha tal�lkozik Elivel, mondja meg neki, hogy k�sz�lj�n fel a bel�thatatlan k�vetkezm�nyekre. Mikor Alyx mag�hoz t�r, nem �gy t�nik, hogy b�rmire is eml�kszik az �lomb�l, legsz�vesebben elindulna. Tov�bbhalad�suk sor�n egy lerombolt h�d t�loldal�r�l szerez Freeman aut�t, mellyel gyorsabban mehetnek White Forest fel�. �tk�zben tal�lnak egy Combine Advisort, akivel majdnem v�geznek is, de az telekin�zissel a falhoz lap�tja �ket, majd elmenek�l. �jabb combine sereg �rkezik, akikkel sikeresen lesz�molnak, majd egy l�zad� b�zisra �rnek. Az aut� motorja itt meg is adja mag�t.

Mik�zben jav�tj�k a motort, Gordon kif�st�li az �tjukba �ll� combine er�ket. Miut�n tiszta lett a terep, aut�ba pattannak, �s megindulnak a k�zeli White Forest fel�. A b�zison m�r nagyon k�sz�lnek a tud�sok a kil�v�sre. �m a combine seregek bet�rnek a b�zisra, s el�bb Freemannek ki kell �ket f�st�lnie. Miut�n ez is megvolt, a tud�sok teljesen megfejtik Dr. Mossman ad�s�t. Eszerint a hely, ahol � most van, egy Borealis nev� kutat�haj�, mely az Aperture Science egykori tulajdona volt. Mikor Alyx v�letlen�l azt tal�lja mondani, hogy k�sz�ljenek fel a bel�thatatlan k�vetkezm�nyekre, Eli hirtelen ideges lesz, �s azt mondja, hogy a haj�t el kell puszt�tani (K�s�bb kider�l, hogy � is tud G-Man l�tez�s�r�l). Kleiner szerint viszont a technol�gia, m�g ha vesz�lyes is, az emberis�g haszn�ra v�lik. Ak�rhogy is, miut�n v�ge az eg�sznek, el kell menni a haj�ra.

�m addig m�g vissza kell verni egy er�s combine t�mad�st, rengeteg striderrel. A Magnusson �ltal kifejlesztett �j ketyer�k seg�ts�g�vel hamar lerad�rozz�k az ellenfeleket, j�het teh�t a rak�ta kil�v�se. A szuperport�l elpusztul, a combine-ok nem tudnak er�s�t�st h�vni. Gordon, Alyx, �s Eli egy helikopterhez indulnak, hogy elmenjenek a Borealisra, �m v�ratlanul Combine Advisorok �tnek rajtuk. Elkapj�k Elit, majd meg�lik, �s az agy�b�l minden fontos inform�ci�t lesz�vnak az ellen�ll�sr�l. Gordon �s Alyx megmenek�lnek, Kutya k�zbel�p�s�nek k�sz�nhet�en, de az Advisorok addigra m�r megtett�k, ami�rt j�ttek.