G-Man megk�s�rli Freemant ism�t m�ly �lomba helyezni, �m egy csapat Vortigaunt megakad�lyozza ebben. Gordon ezut�n egy nagy kupac romhalmaz alatt tal�lja mag�t, k�zvetlen�l a Citadella romjain�l. Mint kider�l, Alyx is meg�szta �lve a Breen elpuszt�t�s�ra rendezett k�zj�t�kot. Egy kivet�t�n kereszt�l kapcsolatba l�pnek Eli vance-szel �s Dr. Kleinerrel, akik szerint a Citadella reaktormagja el�gg� instabil �s b�rmikor felrobbanhat, elpuszt�tva az eg�sz v�rost. A tud�sok javaslat�ra Freeman�knek vissza kell menni�k az �p�letbe, �s megpr�b�lni lelass�tani a folyamat beteljes�l�s�t. Odabent az �zem, dac�ra mindennek, m�g jav�ban m�k�dik. Egy kommunik�ci�s �llom�son kereszt�l v�letlen�l meghallgatj�k Breen-nek az egyik ad�s�t, melyben valamif�le gazdatestr�l besz�lnek vele a Combine-ok, nem sokkal ezut�n pedig egy Combine Advisor teste hagyja el az �p�letet. M�s �rdekes besz�mol�k is vannak. Judith Mossman is bejelentkezik. Elmond�sa szerint valahol �szakon van, ahol r�tal�lt egy kisebb csapattal valamif�le titkos tal�lm�nyra, amely seg�thetne a harcban, de azt�n megzavarj�k �ket. Annyit azonban m�g el�rul, hogy a Citadella robban�sa val�sz�n�leg ide fogja csalni a combine f�er�ket.

Miut�n elhagyt�k az �p�letet, Gordon �s Alyx a v�ros s�t�t, f�ldalatti alag�tjaiban haladnak, ahol rengeteg zombival �s m�s f�lelmetes kreat�r�kkal kell megk�zdeni�k. Mikor kijutnak a felsz�nre, Barney Calhounnal tal�lkoznak, aki a l�zad� csapat seg�ts�g�vel tal�lt egy vas�ti p�lyaudvart, ahonn�t gyorsan el lehet hagyni a v�rost. �sszegy�jtik az ellen�ll�kat, �s a combine hadsereg el�renyomul�s�t megakad�lyozva terelik fel �ket a szerelv�nyre. Egy �jabb t�mad�s miatt azonban �k ketten csak egy k�s�bbi szerelv�nnyel tudnak elmenni, ez�rt elvesz�tik szem el�l a csapatot. Mikor v�gre �k is elindulnak, a Citadella felrobban, �s a l�k�shull�m letasz�tja a vonatot a s�nekr�l.