G-Man megkísérli Freemant ismét mély álomba helyezni, ám egy csapat Vortigaunt megakadályozza ebben. Gordon ezután egy nagy kupac romhalmaz alatt találja magát, közvetlenül a Citadella romjainál. Mint kiderül, Alyx is megúszta élve a Breen elpusztítására rendezett közjátékot. Egy kivetítőn keresztül kapcsolatba lépnek Eli vance-szel és Dr. Kleinerrel, akik szerint a Citadella reaktormagja eléggé instabil és bármikor felrobbanhat, elpusztítva az egész várost. A tudósok javaslatára Freemanéknek vissza kell menniük az épületbe, és megpróbálni lelassítani a folyamat beteljesülését. Odabent az üzem, dacára mindennek, még javában működik. Egy kommunikációs állomáson keresztül véletlenül meghallgatják Breen-nek az egyik adását, melyben valamiféle gazdatestről beszélnek vele a Combine-ok, nem sokkal ezután pedig egy Combine Advisor teste hagyja el az épületet. Más érdekes beszámolók is vannak. Judith Mossman is bejelentkezik. Elmondása szerint valahol északon van, ahol rátalált egy kisebb csapattal valamiféle titkos találmányra, amely segíthetne a harcban, de aztán megzavarják őket. Annyit azonban még elárul, hogy a Citadella robbanása valószínűleg ide fogja csalni a combine főerőket.

Miután elhagyták az épületet, Gordon és Alyx a város sötét, földalatti alagútjaiban haladnak, ahol rengeteg zombival és más félelmetes kreatúrákkal kell megküzdeniük. Mikor kijutnak a felszínre, Barney Calhounnal találkoznak, aki a lázadó csapat segítségével talált egy vasúti pályaudvart, ahonnét gyorsan el lehet hagyni a várost. Összegyűjtik az ellenállókat, és a combine hadsereg előrenyomulását megakadályozva terelik fel őket a szerelvényre. Egy újabb támadás miatt azonban ők ketten csak egy későbbi szerelvénnyel tudnak elmenni, ezért elveszítik szem elől a csapatot. Mikor végre ők is elindulnak, a Citadella felrobban, és a lökéshullám letaszítja a vonatot a sínekről.