A Half-Life 2 végén úgy tűnik, GMan újból birtokba vesz, és lefagyaszt bennünket következő küldetésünkig, ám a barátságos Vortigauntok közbelépésének köszönhetően ez nem történik meg. A Citadella lábánál térünk magunhoz, ahol az utánunk kutató Alyx és Dog talál ránk. A Citadella felrobbani készül, mi pedig csöppet sem vagyunk biztonságban, sőt. A reakció lassításához be kell hatolnunk a hatalmas épület szívébe, majd irány City 17! Alyx oldalán kell végigküzdenünk magunkat a veszélyes utcákon, melyeket ellepték az idegenek, miután a combine-hatalom védőkorlátai megsemmisültek a város körül. A cél: a robbanás előtt kijutni erről az átkozott helyről, és minél több városlakót megmenteni utunk során.