Wallace Breen a legmagasabb combine tisztek felügyelete alatt előkészíti az invázió első szakaszát, és a Black Mesa rendellenes anyagokkal foglalkozó szektorának egyik speciális teszttermét választja színhelyéül. G-Man tudatában van Breen tervének, és megpróbálja megakadályozni az inváziót, de nem jár sikerrel. A portál lehetővé teszi, hogy a combine-ok előre küldjék a kezdőseregüket, a xeni rabszolgákat, hogy elfoglalják a Black Mesát és előkészítsék a fő inváziót. A headcrabek és Xen más tudat nélküli vadállatai pedig csupán a táplálékszerzés reményében jönnek a Földre. G-Man létrehoz egy különítményt a fő portál megsemmisítésére, és katonákat küldet a földönkívüliek ellen. A Black Mesa hatalmas csatatérré válik, ahol rengeteg faj és technológia küzd egymással.

Az incidens folyamán azonban egy illető felkelti G-Man érdeklődését. Gordon Freeman, a rendellenes anyagokkal foglalkozó szektor frissen szerződtetett alkalmazottja kivételes képességeket mutat mind a xeniek, mind az katonák ellen folytatott harcban. G-Man érdeklődése egyre nő, miközben Freeman eljut a Xenre, legyőzi Nihilanth-ot, kiszabadítja a xeni rabszolgákat, hatalmas csapást mérve ezzel a combine-okra. G-Mant teljesen lenyűgözik Gordon tettei. Gordon végig azt teszi, amiben a legjobb: parancsokat teljesít. Még mielőtt eljutna a Xenre, tudtán kívül segíti a combine hadjáratot azzal, hogy fellő az űrbe egy műholdat. Ez a műhold lehetővé teszi a combine-oknak. hogy ún. ”portál-viharokat” idézzenek elő, teleportkapukat nyitva ezzel Föld-szerte. Black Mesa megsemmisül egy atomrobbanásban, de a combine-oknak megvan amire szükségük van: egy műhold, amivel portál-viharokat idézhetnek elő. A Half-Life 1 végén G-Man választási lehetőséget ad Freemannek: vagy meghal, vagy elvállalja a munkaajánlatát. A Half-Life 2 puszta léte azt jelenti, hogy Gordon az életet választotta a halál helyett. Miután elvállalta a munkát, G-Man kiszakítja őt térből és időből, hogy újra hívja őt, ha szükség lesz rá.