A lázadás Gordon első hivatalos megbízása, a másodikat pedig még nem árulta el neki G-Man. G-Man újra visszahozza őt a munka végrehajtásának időtartamára. Amint Breen felfedezi a visszatérését, legfőbb feladatának elfogását vagy megölését tekinti. Gordon kicsúszik a combine-ok kezei közül Nova Prospektnél, miközben súlyos csapást mér rájuk. Ez robbantja ki a polgárok felkelését, és sokkal nagyobb lázadás tör ki, mint bármikor azelőtt. A káosz lesz úrra City 17-en, amint Wallace Breen és a combine-ok megpróbálják elfojtani a lázadás terjedését, és a citadellát teljes támadó üzemmódba rakják, melynek következtében combine katonák özönlik el az utcákat. Vortigaunt menekültek a Xen-ről csatlakoznak a lázadáshoz. G-Man nyomon követi Gordont a feladat végrehajtása során, és segít neki, ha szükséges. A Half-Life 2 végén Gordon teljesíti a megbízatását. Elpusztította a célpontját, a citadellát City 17-ben, a combine-ok földi trónját. Nem tudjuk, hogy mi történt ezután a földön maradt combine-okkal, de több mint valószínű, hogy a lázadók leszámoltak velük, hiszen vezető nélkül maradtak, a citadellát lerombolták és nincsenek tartalékaik. A combine-ok jelenléte a Földön tehát megszűnik. Gordon ismét elhagyja a világot, amíg el nem jön a következő megbízatása.

Mit jelent mindez a combine-okra nézve? Vagy vissza kell foglalniuk a Földet és a citadellát City 17-ben a xen-i portálokon keresztül, és újra kiépítenek mindent, vagy feladják a küzdelmet a Föld ellen. Valószínűleg újra el akarják majd foglalni a Földet, mintegy politikai lépésként megmutatva más bolygóknak és rendszereknek, hogy tényleg legyőzhetetlenek. Egy dolog azonban biztos: a combine-ok nem haltak ki. Rengeteg csapatuk van még más bolygókon és dimenziókban. A birodalmuk még mindig terjeszkedik, kegyetlenül eltaposva más bolygókat/dimenziókat a Földhöz és a Xen-hez hasonlóan.

Mit tett végül is Gordon? Véget vetett a combine uralomnak a Földön (egy időre legalábbis) és egy második súlyos csapást mért ezzel a Combine Birodalomra, megmutatva nekik hogy az emberek elég erősek, hogy felvegyék a harcot egy ilyen hatalmas birodalommal is, és hogy a combine-ok sem legyőzhetetlenek. Egy időre az emberiség újra szabad lett.

Miért adta G-Man ezt a megbízást Gordonnak? Jó kérdés. Valószínűleg G-Man egy intergalaktikus lázadó szövetség ügynöke (emberi formában), akik azért küzdenek, hogy legyőzhessék a kegyetlen Combine Birodalmat, mely már sokkal a HL1 történései előtt is létezett. Ez a lázadó szövetség elképesztő technológia birtokában van, képesek olyan formán uralni a teleportációt, ahogyan G-Man is teszi. Valószínűleg G-Man rájön, hogy Gordon Freeman az egyetlen, aki legyőzheti a Combine Birodalmat, és olyankor hívja, ha erre lehetőség van. Emlékezzünk vissza, Gordon egy másik fajt is felszabadított: a xenieket. Így ez volt a második nagy csapása a combine-ok ellen. A vicces az egészben, hogy mindezt tudtán kívül teszi.