A Black Mesa elektronikus kutatásokkal foglalkozó épületegyüttese Új-Mexikóban található. A komplexum titkos, civilek nem tudnak róla, de az ott dolgozók közül is csak kevesen tudják,milyen kísérleteket folytatnak a kutatócsoportok.

Főhősünk, Gordon Freeman, egy jól képzett kutató-asszisztens. A történet egy átlagosnak látszó napon kezdődik, viszont egy elrontott kísérlet során Freeman (és a világ) nyakába szakad egy bolygónyi idegen, akik a véletlenül megnyitott teleportkapun jöttek át a Xen-ről, hogy elpusztítsák Földünket. Gordon harcol a saját életéért és az emberek megmentéséért. Nemsokára a kommandósokat is a tudósokra uszítják, így Freeman-nek már nem csak a földönkívüliekkel kell elbánnia.

Hogy mi lesz a történet vége? Nos, nem lövöm le a poént, de megtudhatod a végigjátszásban!