Most már aztán tényleg itt az ideje a menekülésnek. Az út során a kijelzőkről beszélő Dr. Kleiner képét hirtelen megint leváltja az a különös zöld idegen lény képe. De ezzel most ne törődjünk, keressük inkább meg Barneyt, aki a csapata élén a kiútnak számító vasútállomás felé tart. Rengetegen támadnak nekünk, de ezt kivédendő találhatunk egy Magnumot. A lényeg, hogy a csapatokat juttassuk ki a vasútállomásra. Amikor a harmadik csapatot visszük, először ki kell iktatnunk egy mesterlövészt, majd egy Super Combine-t, aki destruktív hajlamait épp a vonatunkon éli ki. Ha mindhárom csapat megérkezett a biztonságba, siessünk vissza Barneyhoz. Ekkorra azonban a rosszfiúk is bekeményítenek. Valahonnan, jó szokás szerint, előkerítettek egy tankot. Kiiktatni csak jól irányzott rakétákkal célszerű. Azután némi csetepaté után a negyedik csapatot is biztonságban tudhatjuk. Barneyék természetesen elmennek a vonattal, míg mi, jó szokásunkhoz híven, feltartjuk az ellenséget. Hosszú, és fájdalmas csatában lesz részünk, megfűszerezve Striderrel, Combine-okkal, Headcrabekkel. Ha mindent jól csináltunk, akkor némi kitérő után két vonatra bukkanhatunk. Ám még mielőtt felszállhatnánk, előbb meg kell vívnunk a játék utolsó csatáját a Striderrel. Ha az óriás monstrum megfeküdt, akkor végre Alyx is előkerül, majd mindketten felszállunk a vonatra. Ám ez, ebben az esetben egyáltalán nem jelent happy endet…