Egy tudóst pillantunk meg legelőször, aki elmondja, hogy bár mi élünk, sajnos társainkat nem tudta megmenteni. Emellett azt, hogy a kijutáshoz keresni kellene egy rádiót, és azzal segítséget kérni. Rendben van, búcsúzzunk és induljunk el. Időközben máris szembesülhetünk Black Mesa néhány ocsmányságával: a zombivá való átalakulás minden folyamatát megismerhetjük, csak vigyázzunk, hogy a szemléltetőeszközök ne bántsanak minket :) Sebaj, a lépcső legalján lévő biztonsági őr lelövi őket, és tovább is enged, feltéve, ha hozunk segítséget. Kizárt dolog, de rendben van. Vegyük fel a csőkulcsot, kerüljük ki az elektromos kábelt, majd menjünk a következő terembe, ahol az elszabadult lézer okoz problémát. Törjük szét a sarokban lévő tükröt, ami így nem tudja visszaverni a lézerfényt, és továbbmehetünk. Itt harcolhatunk először a headcrabek ellen. Nem nagy kihívás egyik sem, de egyelőre megteszi. Fel a lépcsőn, majd ki a szabadba, a sziklaperemeken átugrálva. A végén az egyik Vortigaunt hátából egy kést húzhatunk ki, amely később még nagyon jól fog jönni. Az út végén található sziklaüregben van egy szellőző, ezen keresztül lejuthatunk lezuhant gépünk roncsaiig. Sajnos pont ráesett egy elektromos vezetékre, így akadályozza a továbbjutást, amíg nem kapcsoljuk ki az áramot. Ezt az alagút végén található kapcsolószekrénynél tehetjük meg, ahová a szellőzőrendszeren keresztül juthatunk be. A szerencsétlenül járt biztonsági őr kézifegyvere lesz az első lőfegyverünk. Hamarosan szükségünk is lesz rá. Most már visszamehetünk a géphez. Át a kerítésen, ami mögött egy rádió van. A feletteseink azt tanácsolják, hogy nagyobb csoportokban haladva próbáljuk meg elérni az utolsó transzportot valahogy, mert a hadműveletnek vége. Rendben. A balra található aknában található létra lesz a továbbjutás kulcsa. A csatornaalagutakban ádáz harcot kell vívnunk a Vortigauntokkal, amihez segítségünkre lesz egy shotgun, amit szintén itt találhatunk meg. A harcok után egy nagy terembe érkezünk, ahol egyszerre minden megrázkódik és felrobban. Húzódjunk be a bal alsó sarok közelébe, ugyanis hamarosan ide fog csapódni egy leszakadt gerenda, amin keresztül felmászhatunk. Még épp idejében, ugyanis sav kezdi el megtölteni a szobát. G-Man persze most is jó helyen van, jó időben, s kinyitja nekünk a fenti zárt ajtót, de ezután rejtélyesen eltűnik, ahogy szokott. A következő termekben is jókora mennyiségű sav és ellenség van. Itt egy gép segítségével tudunk átjutni a másikoldalra, valamint kinyitni az ajtót. Odaát kellemetlen meglepetés fogad: a személyszállító vasútrendszer kijárata beomlott, más megoldást kell keresni. A csatornarendszer egyik letört csövének segítségével úsznunk kell az árral, míg a nagy víztározóból már könnyedén kijuthatunk a létra segítségével. A következő teremben újra akadályoztatva vagyunk. A biztonsági rendszer miatt nem tudunk lemászni a létrán, az alattunk lévő gép pedig elakadt a dobozokban. Dobjunk oda pár gránátot, hogy a gép befejezhesse munkáját, mi pedig le tudjunk menni a létrán. Lent a kapcsoló segítségével engedjük le a savat, majd nyissuk ki a hangárajtót. Így, bár egy kis kerülővel, de a vasútrendszerhez jutottunk. Rövid tűzharc után be is szállhatunk, azaz szállhatnánk, de túl messze van a talajtól a kocsi. Toljuk oda a közelben található kiskocsit, aminek a pallójáról már be tudunk ugrani. Beszállás után a vonat automatikusan elindul.