Visszaérkezésünk a tábla szerint a Black Mesa Hidrofauna Központba sikerült. Ismeretlen hely, új kihívások. A bal oldali ajtó zárva, de a jobb oldalon a medencében csapdába esett tudós kiszabadításával ez megoldható. Sajnos a második ajtó kinyitásánál agyoncsapja az áram, valamilyen módon ki kell kerülnünk. Bal oldalt a törött akváriumban van egy létra, azon felmászva megkerülhetjük, némi harc árán. A következő terem zsákutca, egyetlen lehetőségünk, hogy belépünk a teleportgépbe, ami azonban eléggé rozoga, és nem működik tökéletesen: egyenesen az akvárium közepébe jutunk. Ússzunk ki a fenti rács kitörésével. Fent újabb folyosó jön, rengeteg Headcrabbel és zombival. A végén található kerék segítségével nyissuk ki a zsilipet, majd ússzunk be a vízbe, és az ott található kerékkel engedjük le a vizet. Továbbhaladva utunkat elektromos áram zárja el: lőjünk bele a fali kapcsolószekrénybe, és az áram megszűnik. Ezután hatalmas, izmos Vortigauntra emlékeztető lény támad ránk. Lőjük le. Kezéből kiejti elektromos fegyverét, mely a miénk lesz. Elég erős és mindig újratöltődik, csak az a baj, hogy ha lelövünk egy ilyen lényt, akkor a fegyvere is mindig ránk fog támadni. Vicces. Rövid mászkálás után ismét zsákutcában kötünk ki. Az egyetlen lehetőségünk, ha az üvegfolyosón beugrunk az Ichtyosaurok (halak:) közé, és akár végzünk velük, akár nem, felfelé úszva jussunk ki erről a szintről.